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給与所得者が受ける通勤手当については一定限度まで非課税とされている
ので給与所得者と同様の基準で通勤しているのなら、
非課税になると思われます。

通勤に要したガソリン代等は
事業の遂行上必要な部分が明らかな場合は必要経費に算入できます